Program IPA Tahfidz al Qur’an adalah Program yang dirancang bagi anak lulusan SMP/MTs yang berkeinginan melanjutkan Kuliah di Perguruan-Perguruan Tinggi baik Negeri atau SWASTA dengan membawa bekal hafalan al Qur’an.
Diharapkan dari Program ini keluar ilmuan-ilmuan muslim yang bukan hanya ahli dalam bidang Eksak, namun juga ahli dalam bidang al Qur’an sehingga bisa melakukan integrasi Pengetahuan dengan al Qur’an.
Program ini ditempuh selama 3 tahun, 2 tahun ditempuh di MA Matholi’ul Anwar dan satu tahun di Ponpes Hamalatul Qur’an atau cabang-cabangnya.